Durch eine geeignete Therapie kann die Erkrankung viele Jahre zurückgedrängt oder sogar geheilt werden. Sollte es im weiteren Verlauf zu einem Rückfall der Erkrankung kommen, hängt die Wahl der Therapie von verschiedenen Faktoren ab, zum Beispiel vom Allgemeinzustand des Patienten, vom zeitlichen Abstand zur letzten Therapie sowie vom Alter des Patienten. In vielen Fällen wird erneut eine Chemoimmuntherapie oder, wenn diese nicht möglich ist, eine Ganzhirnbestrahlung durchgeführt.

Die Therapie von Patienten mit ZNS-Lymphomen sollte in jedem Fall durch spezialisierte Fachärzte für Hämatologie und Onkologie an entsprechend erfahrenen Zentren durchgeführt werden. Für die stete Weiterentwicklung und Verbesserung der Therapiemöglichkeiten ist die Behandlung im Rahmen klinischer Studien von entscheidender Bedeutung. Deutschlandweit werden an vielen Behandlungszentren klinische Studien sowohl für neu diagnostizierte Erkrankungen als auch für die Rückfallsituation angeboten. Diese werden von zwei Studiengruppen koordiniert: der Kooperativen Studiengruppe ZNS-Lymphome (KSG-PCNSL) in Stuttgart/Freiburg und der Arbeitsgruppe ZNS-Lymphome an der Charité Universitätsmedizin in Berlin.